После этого он в 1995, 1999 и 2003 годах избирался сначала главой администрации, а позже - губернатором Белгородской области. Кроме того, в 2003 году – в период отсутствия губернаторских выборов - облдума утвердила внесенную президентом кандидатуру Евгения Савченко на пост губернатора.  В 2012 году в Белгородской области вновь прошли губернаторские выборы, в которых победу одержал Евгений Савченко.

В настоящее время Евгений Савченко является абсолютным рекордсменом среди глав субъектов РФ по времени нахождения на этом посту, а также по количеству побед на выборах руководителя региона.